液相色谱它的基本概念及理论基础（如保留值、塔板理论、速率理论、容量因子、分离度等），与气相色谱是一致的，但又有不同之处。
液相色谱与气相色谱的区别可归结于进样方式的不同、流动相的不同等，如下：
1、进样方式的不同：液相色谱只要将样品制成溶液，而气相色谱需加热气化或裂解
2、流动相的不同，在被测组分与流动相之间、流动相与固定相之间都存在着一定的相互作用力
3、由于液体的粘度较气体大两个数量级，使被测组分在液体流动相中的扩散系数比在气体流动相中约小4~5个数量级
4、由于流动相的化学成分可进行广泛选择，并可配置成二元或多元体系，满足梯度洗脱的需要，因而提高了液相色谱的分辨率（柱效能）
5、液相色谱采用5~10Lm细颗粒固定相，使流体相在色谱柱上渗透性大大缩小，流动阻力增大，必须借助高压泵输送流动相
6、液相色谱是在液相中进行，对被测组分的检测，通常采用灵敏的湿法光度检测器，例如，紫外光度检测器、示差折光检测器、荧光光度检测器等
7、液相色谱与气相色谱相比较，液相色谱同样具有高灵敏度、高效能和高速度的特点
液相色谱与气相色谱有区别，也有相同点，液相色谱的定性和定量分析，与气相色谱分析相似，在定性分析中，采用保留值定性，或与其他定性能力强的仪器分析法连用；在定量分析中，采用测量峰面积的归一化法、内标法或外标法等，但液相色谱在分离复杂组分式样时，有些组分常不能出峰，因此归一化法定量受到限制，而内标法定量则被广泛使用。